Mennirnir, Khalid Sheikh Mohammed, Walid Muhammad Salih Mubarak Bin Attash og Mustafa Ahmed Adam al-Hawsawi, hafa verið í haldi á herstöðinni í Guantánamo-flóa á Kúbu í um áratug.
Alls létust 2.996 þegar farþegaþotum var flogið á Tvíburaturnana í New York og Pentagon, auk þess sem farþegaþota brotlenti á akri í Pennsylvaníu eftir mótspyrnu farþega.
Saksóknarar segja Khalid Sheikh Mohammed „arkítekt“ árásanna og að hann hafi viðrað hugmyndir sínar um að nota farþegaþotur til að fljúga á byggingar í Bandaríkjunum við Osama Bin Laden, þáverandi leiðtoga Al Kaída.
Þá er hann einnig sagður hafa aðstoðað við þjálfun sumra þeirra sem tóku þátt í árásunum.
Mohammed og Hawsawi voru handteknir í Pakistan í mars 2003. Fyrrnefndi var beittur vatnspyntingum að minnsta kosti 183 sinnum áður en þær voru bannaðar.
Fjölskyldum fórnarlambanna var tilkynnt um samkomulagið áður en greint var frá því opinberlega. Það virðst ekki allir sáttir en Jim Smith, hvers eiginkona lést í árásunum, sagði ástvini látnu hafa verið rænda tækifærinu að mæta sakborningunum í dómsal.
Þá ættu þeir að hljóta hörðustu mögulegu refsingu.
Samkvæmt talsmanni þjóðaröryggisráðs Bandaríkjanna átti Bandaríkjaforseti ekki aðkomu að samningaviðræðunum en stjórnvöld höfðu áður hafnað því að samkomulag yrði gert við mennina.
Repúblikanar hafa hins vegar gagnrýnt stjórnvöld harðlega fyrir niðurstöðuna.
„Það eina sem er verra en að semja við hryðjuverkamenn er að semja við þá eftir að þeim hefur verið náð,“ sagði Mitch McConnell, leiðtogi Repúblikana í fulltrúadeild þingsins.
