Ættum ekki að óttast stökkbreytingar veirunnar Kristín Ólafsdóttir skrifar 14. apríl 2020 11:41 Starfsfólk veirufræðideildar Landspítala að störfum í kórónuveirufaraldri. Ljósmynd/Landspítali/Þorkell Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér. Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Gabríel Boama og yngri bróðir hans réðust á tvær konur og bróðirinn stakk pilt Innlent Hin 25 ára Silja Sóley oddviti Sósíalista í Reykjavík Innlent Tók þrjátíu sekúndur að fara inn og út Innlent Bílvelta í Ártúnsbrekku Innlent Fjölskyldufaðir þungt haldinn á spítala eftir alvarlega árás á þorrablóti Innlent Eins árs rannsókn lauk með ellefu handtökum á Íslandi Innlent Búið að ákæra og jafnvel dæma í tengdum málum Innlent „Farið að líkjast vöruúrvalinu í sovéskri kjörbúð“ Innlent „Þarf maður að fara að finna einhverja nýja fjöru?“ Innlent Taki þátt í skipulagningu frá Litla-Hrauni Innlent Fleiri fréttir Réðst á fyrrverandi kærasta sinn eftir sambandsslit Fiskúrgangi fargað á útivistarsvæði: „Þetta er náttúrulega bara viðbjóður“ Stoltur yfir arfleifð Bryndísar Klöru en söknuðurinn sár Spila styrktarleik til minningar um Patrek: „Hans er sárt saknað“ Taki þátt í skipulagningu frá Litla-Hrauni Segja gögn um verktakagreiðslur tekin úr samhengi Innflutningi stýrt frá Litla-Hrauni Hefjast handa á rúmlega hundrað íbúðum fyrir fyrstu kaupendur Grikki grunaður um morð látinn dúsa tvær vikur til viðbótar Hættur við að fá dómkvadda matsmenn vegna varnargarða Bílvelta í Ártúnsbrekku Tók þrjátíu sekúndur að fara inn og út „Málþófsflokkarnir“ séu mættir „í fullum skrúða með leikrit og skuespil“ Ræða við vitni og hraðakstur til skoðunar Bein útsending: Færri börn undir þrettán ára á TikTok „Farið að líkjast vöruúrvalinu í sovéskri kjörbúð“ Sérhæfð móttaka Landspítala fær nafn Bryndísar Klöru Gabríel Boama og yngri bróðir hans réðust á tvær konur og bróðirinn stakk pilt Búið að ákæra og jafnvel dæma í tengdum málum Hafi tekið barnsmóður sína hálstaki Fjöldahandtökur á Íslandi og prófessor varar við tengingu bóta við vísitölu Bein útsending: Einföldun Evrópuregluverks Eins árs rannsókn lauk með ellefu handtökum á Íslandi Nálgumst 400 þúsund og um átján prósent íbúa eru erlendir ríkisborgarar Alda sópaði manninum út í vatnið eftir að ís féll úr jöklinum Færri krakkar á samfélagsmiðlum en fleiri vingast við gervigreind Hin 25 ára Silja Sóley oddviti Sósíalista í Reykjavík Tæp fjórtán prósent þjóðarinnar búsett erlendis Netmiðlar myndu flestir liggja niðri á Íslandi Hættir í Samfylkingunni og gengur til liðs við nýjan flokk fyrir kosningar Sjá meira
Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér.
Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Gabríel Boama og yngri bróðir hans réðust á tvær konur og bróðirinn stakk pilt Innlent Hin 25 ára Silja Sóley oddviti Sósíalista í Reykjavík Innlent Tók þrjátíu sekúndur að fara inn og út Innlent Bílvelta í Ártúnsbrekku Innlent Fjölskyldufaðir þungt haldinn á spítala eftir alvarlega árás á þorrablóti Innlent Eins árs rannsókn lauk með ellefu handtökum á Íslandi Innlent Búið að ákæra og jafnvel dæma í tengdum málum Innlent „Farið að líkjast vöruúrvalinu í sovéskri kjörbúð“ Innlent „Þarf maður að fara að finna einhverja nýja fjöru?“ Innlent Taki þátt í skipulagningu frá Litla-Hrauni Innlent Fleiri fréttir Réðst á fyrrverandi kærasta sinn eftir sambandsslit Fiskúrgangi fargað á útivistarsvæði: „Þetta er náttúrulega bara viðbjóður“ Stoltur yfir arfleifð Bryndísar Klöru en söknuðurinn sár Spila styrktarleik til minningar um Patrek: „Hans er sárt saknað“ Taki þátt í skipulagningu frá Litla-Hrauni Segja gögn um verktakagreiðslur tekin úr samhengi Innflutningi stýrt frá Litla-Hrauni Hefjast handa á rúmlega hundrað íbúðum fyrir fyrstu kaupendur Grikki grunaður um morð látinn dúsa tvær vikur til viðbótar Hættur við að fá dómkvadda matsmenn vegna varnargarða Bílvelta í Ártúnsbrekku Tók þrjátíu sekúndur að fara inn og út „Málþófsflokkarnir“ séu mættir „í fullum skrúða með leikrit og skuespil“ Ræða við vitni og hraðakstur til skoðunar Bein útsending: Færri börn undir þrettán ára á TikTok „Farið að líkjast vöruúrvalinu í sovéskri kjörbúð“ Sérhæfð móttaka Landspítala fær nafn Bryndísar Klöru Gabríel Boama og yngri bróðir hans réðust á tvær konur og bróðirinn stakk pilt Búið að ákæra og jafnvel dæma í tengdum málum Hafi tekið barnsmóður sína hálstaki Fjöldahandtökur á Íslandi og prófessor varar við tengingu bóta við vísitölu Bein útsending: Einföldun Evrópuregluverks Eins árs rannsókn lauk með ellefu handtökum á Íslandi Nálgumst 400 þúsund og um átján prósent íbúa eru erlendir ríkisborgarar Alda sópaði manninum út í vatnið eftir að ís féll úr jöklinum Færri krakkar á samfélagsmiðlum en fleiri vingast við gervigreind Hin 25 ára Silja Sóley oddviti Sósíalista í Reykjavík Tæp fjórtán prósent þjóðarinnar búsett erlendis Netmiðlar myndu flestir liggja niðri á Íslandi Hættir í Samfylkingunni og gengur til liðs við nýjan flokk fyrir kosningar Sjá meira
Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52
Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41
Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09