Langsamlega stærsti hluthafi ÍSEF er eignarhaldsfélagið Omega, með samtals tæplega 49 prósenta eignarhlut, en það er í eigu fjárfestanna Andra Sveinssonar og Birgis Más Ragnarssonar, sem er einn af meðeigendum og starfsmönnum Novator Partners, fjárfestingafélags í meirihlutaeigu Björgólfs Thors Björgólfssonar. Andri hætti hins vegar öllum daglegum störfum fyrir Novator í fyrra eftir að hafa verið fjármálastjóri og einn meðeigenda félagsins undanfarin ár og einbeitir sér núna að eigin fjárfestingum.
Þá fer Sigþór Sigmarsson, sem situr í stjórn Omega og starfar fyrir Novator, með rúmlega eins prósenta hlut í ÍSEF í eigin nafni og saman fer þessi fjárfestahópur því samanlagt með meirihluta í félaginu.
Fjárfestingafélagið ÍSEF keypti meirihluta í fyrirtækjunum ÍS 47 og Hábrún en þau starfrækja bæði fiskeldi í Ísafjarðardjúpi og nam fjárfestingin samtals 1.280 milljónum króna. Keyptur var 70 prósenta hlutur í Hábrún fyrir 740 milljónir króna en fjárfestingin í ÍS 47 nam 540 milljónum og eignaðist ÍSEF við það 80 prósenta eignarhlut í fyrirtækinu.
Í gegnum félagið Omega eru Andri og Birgir meðal annars stærstu hluthafarnir í Kerecis og eins í fasteignafélaginu Ásbrú á gamla varnarliðssvæðinu. Þá átti Omega einnig um 5,6 prósenta hlut í félaginu Novator Nova en það seldi helmingshlut sinn í fjarskiptafyrirtækinu til bandaríska fjárfestingafélagsins PT Capital á síðasta ári.
Aðrir helstu eigendur ÍSEF, að því er fram kemur í nýbirtum ársreikningi félagsins, eru Bjarnar Invest, Byggingarfélag Gylfa og Gunnars, Eignarhaldsfélagið VGJ, Arctic Sequentia og Björg Finance.
Það eru Íslensk Verðbréf sem heldur utan um allan rekstur ÍSEF.
